Istorijat ninjutsu-a
O samoj veštini javnost zna vrlo malo. Prvi put se spominje negde oko 520 godine. Za vreme vladavina raznih shoguna (vojskovođa), Japan je bio podeljen na desetine provincija kojima su vladali vojni zapovednici, daimyoi. Između takvih zapovednika bile su vrlo česte borbe za moć i prevlast. Njihove vojske su se otvoreno sukobljavale, a u tim borbama su se borili i ginuli mnogi ratnici - samuraji (bushi). Za samuraja je bila čast poginuti u otvorenoj borbi za svoga gospodara, jer im je tako nalagao njihov kodeks časti – Bushido – 'Put Ratnika'. Međutim, daimyoi su za specijalne potrebe u vreme ratova upotrebljavali ninja ratnike, jer oni, za razliku od samuraja, nisu bili sputavani Bushido kodeksom. Zadaci koje su ninje obavljali sastojali su se od špijunaže, raznih diverzija, ubistava neprijateljskih zapovednika itd. Za Ninju je bilo najvažnije obaviti zadatak, i to po svaku cenu, te je to bio njihov kodeks.
U periodu japanske istorije, poznatom kao Kamakura, mnogi ljudi su se sklanjali u planine u oblastima Iga i Koga napuštajući red Bushija. Tu su živeli kao Jizamuraji, "ratnici koji žive kao seljaci", te su zbog toga bili pod stalnim pritiskom shogunove vojske, koja ih je htela uništiti. Da bi se zaštitili morali su razvijati i usavršavati ratničke veštine uz minimum opreme i sredstava, jer je bilo zabranjeno posedovati oružje svima koji nisu bili pripadnici Bushi klase, odnosno onima koji nisu radili za shoguna.
Između 794. – 1192. godine, ninjutsu se počeo razvijati u umetnost kakvu danas poznajemo. Za njegovo razvijanje zaslužno je takođe i nekoliko kineskih ratnika, učitelja i sveštenika, koji su putovali divljinama Japana. Gamon, Garyu, Kain, Unryu i generali T'ang, dinastije Cho Gyoko, Ikai i Cho Busho, doneli su sa sobom znanje ninjitsua akumulirano vekovima u njihovoj matičnoj zemlji. Vojna strategija, religija, filozofija, folklor, kultura, medicina, skupljani u carskoj Kini iz Indije, Tibeta, istočne Europe i južne Azije, našli su mesto u razvoju ninjutsua.
Odlučujuće za razvoj ninjutsua bilo je spajanje borbenih tehnika sa tehnikama bešumnog kretanja i nestajanja, te susret sa moćnom, ratnički organizovanom, sektom zvanom Yamabushi. Yamabushi, planinski ratnici - sveštenici, koje je proganjala carska vojska, praktikovali su Shugendo, verske rituale koji su se sastojali od asketizma, magije i zavere.
Ninjutsu, veština borenja je bila strogo čuvana tajna, koja se prenosila unutar porodice ili klana sa oca na sina, ili na najboljeg učenika. Najpoznatije i najjače familije su se nalazile u japanskim oblastima Iga i Koga, danas poznate kao Mie i Shiga.